ขวดเพาะเลี้ยงเซลล์ได้รับการออกแบบมาเป็นพิเศษเพื่อความสำเร็จในการเจริญเติบโตและการแพร่กระจายของเซลล์จุลินทรีย์ แมลง หรือสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม พันธุ์ที่พบมากที่สุด ได้แก่ ขวดเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อแบบแบน ขวด Erlenmeyer และขวดปินเนอร์
ภาชนะเพาะเลี้ยงแบบเดียวกันสามารถนำมาใช้ซ้ำได้ แต่โอกาสของการปนเปื้อนจะเพิ่มขึ้นเมื่อมีการเพาะซ้ำแต่ละครั้ง เนื่องจากการสะสมของตัวกลางที่หกเล็กน้อยบนช่องเปิดขวด