การเพาะเลี้ยงแบบขวดเขย่าแตกต่างจากการเพาะเลี้ยงบนพื้นผิวที่เซลล์สัมผัสโดยตรงกับความเข้มข้นของออกซิเจนสูง ในการเพาะเลี้ยงแบบขวดเขย่า เซลล์จะได้รับออกซิเจนที่มีความเข้มข้นต่ำ เนื่องจากจุลินทรีย์แขวนลอยอยู่ในน้ำซุปสำหรับเพาะเลี้ยง